También debido a este fenómeno, en el Perú el área circundante al lago es la región geoeconómica más importante de los andes sudperuanos. En esta zona se crían y reproducen el 49 por ciento de las alpacas, el 32 por ciento de ovinos, el 29 por ciento de llamas y el 10 por ciento de vacunos de todo el Perú.
La administración y conservación del lago Titicaca está a cargo de una autoridad binacional autónoma que comparten el Perú y Bolivia.
Según investigadores, la antigüedad del lago data de la era terciaria y se habría formado como consecuencia del hundimiento de una parte de la meseta del Collao, por lo que se le considera de origen tectónico.
Junto con el lago Poopó, el Titicaca formó parte del extinto lago Ballivián, que también se extendía en la meseta del Collao. En la actualidad, es un lago residual puesto que su área primitiva era mucho más extensa.
Antes que surgieran los incas, quienes finalmente lo anexaron a sus dominios, en torno al lago surgieron importantes culturas como la Chiripa y la Pucará, de las cuales se han hallado reveladores restos arqueológicos en las partes sur y norte.
Otras investigaciones han probado que en los alrededores del lago Titicaca se inició la domesticación de algunos tubérculos y de los camélidos sudamericanos alpaca y llama.
En el 2005, tras analizar el ADN de 261 variedades silvestres y 98 cultivadas de papa, científicos estadounidenses reconocieron que dicho tubérculo es oriundo del Perú, ubicando su origen al norte del lago Titicaca, donde brotó hace 9.000 a?os.
La investigación fue realizada por un equipo de investigadores de la Universidad de Wisconsin, quienes recolectaron, comandados por el botánico David M. Spooner, especies silvestres y variedades nativas de papa a lo largo y ancho de los Andes.
Hacia el a?o 200 de nuestra era, la cultura Tiahuanacu, en pleno desarrollo urbanístico, dominó el Titicaca, construyendo importantes centros ceremoniales en las islas y alrededores del lago.